دکتر سید حسین فخرایی در پنجم آذر ماه 1326 در دزفول متولد شد.تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در شهر زادگاهش به اتمام رساند و در سال 1353 موفق به اخذ دیپلم دکترای پزشکی عمومی از دانشگاه علوم پزشکی شیراز گردید. دورة دستیاری پزشکی کودکان را در کلینیک مایو در شهر چستر ایالت مینه‌سوتای آمریکا و بیمارستان اسکات‌اندوایت در شهر تمپل ایالت تگزاس آمریکا گذراند. دکتر فخرایی دورة دستیاری فوق تخصصی نوزادان را در دانشگاه واشنگتن شهر سنت‌لوئیز ایالت میسوری آمریکا گذرانده و در سال 1358 موفق به اخذ بورد از آمریکا شد. وی تا سال 1396 در بیمارستان کودکان مفید به عنوان رییس بخش‌های نوزادان و ویژة نوزادان و هم زمان دبیر هیات ممتحنة داشنامة فوق تخصصی نوزادان و پیرامون تولد بود. دکتر فخرایی هم اکنون استاد بیماریهای کودکان در دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی است و همچنین دبیر هیات مدیره انجمن پزشکان نوزادان ایران، عضو هیات مدیره انجمن پزشکان کودکان ایران، عضو هیات امنای انجمن تغذیه با شیر مادر و عضو کمیته کشوری ایمن سازی بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و عضو ارشد آکادمی طب کودکان آمریکا نیز هست.