دکتر سیامک نجاریان همکاری خود را در سال ۱۳۷۵ با دانشکده مهندسی پزشکی آغاز نمودند و تا سال ۱۳۹۱ در گروه بیومکانیک با دانشکده همکاری داشتند ایشان یک دوره در سمت ریاست دانشکده و دو دوره به عنوان مدیرگروه و در دیگر سمتها عهده دار  مسئویت بودند .در این دوران ایشان به عنوانهای استاد نمونه کشوری ،استاد نمونه دانشکده و دیگر تقدیر نامه ها دست یافتند.