اسماعیل علیخانی، در سال ۱۳۶۷ وارد حوزة علمیه شد و پس از گذراندن مقدمات، دروس سطح و خارج را از اساتیدی همچون استاد محمدی خراسانی، استاد موسوی تهرانی، آیت‌الله مکارم شیرازی و آیت‌الله سبحانی فرا گرفت.در سال ۱۳۷۴ وارد مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) شد و پس از گذراندن دورة عمومی، کارشناسی ارشد را با گرایش فلسفه دین و با ترجمة کتابی در باب «معنای زندگی» و نقد آن به عنوان پایان‌نامه، با امتیاز عالی طی کرد و در سال ۱۳۸۶ در مقطع دکتری، با گرایش ادیان و عرفان قبول شد و پس از گذراندن دوره، رسالة دکتری را با عنوان «حقیقت قرب به خدا در اسلام و مسیحیت»، با امتیاز عالی دفاع کرد. با توجه به رشته فلسفه دین و نیز گرایش ادیان و عرفان و وابستگی آنها به زبان انگلیسی و نیز علاقه شخصی، به آموزش ترجمة زبان انگلیسی و در کنار آن مکالمه پرداخت، که حاصل آن ترجمة دو کتاب به صورت مشترک با یکی از دوستانش و یک کتاب مستقل و نیز چند مقاله است. مکالمة زبان انگلیسی را نیز، هم به صورت شخصی و هم در مراکز آموزش زبان ادامه داد.در کنار تحصیل، به تدریس، تحقیق و تبلیغ نیز اشتغال داشته. اهم تدریس‌های وی در مؤسسة آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره)، جامعة المصطفی العالمیة، دانشگاه قم بوده است و دانشگاه‌های خارج از قم به صورت پراکنده، نظیر دانشگاه بیرجند، دانشگاه کردستان، دانشگاه فردوسی مشهد و … و عمدة پژوهش‌ها در زمینه‌های ادیان، فلسفة دین و موضوعات عرفانی و بیشتر تبلیغ‌ها در دانشگاه‌ها، به مدت سیزده سال، از طریق نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه‌ها بوده است. البته در کنار این امور به تدریس در قالب طرح‌هایی همچون طرح ولایت دانشجویی و دبیران و طرح ضیافت دانشجویی و اساتید و نیز سخنرانی‌های علمی و تخصصی در دانشگاه‌ها پرداخته است.
