مظفر شاهدی در سال 1345 در ایران (شهرستان شیروان) متولد شده است؛ در سال 1365 در رشته اقتصاد اجتماعی دیپلم گرفته است؛ در سال 1369 در رشته تاریخ از دانشگاه فردوسی مشهد لیسانس گرفته ااست؛ در سال 1375 در رشته تاریخ ایران اسلامی از دانشگاه تربیت مدرس در مقطع فوق لیسانس فارغ التحصیل شده است. در سال 1398 هم در رشته تاریخ انقلاب اسلامی از رساله دکترای خود با عنوان «مسئله تحزب در ایران: 1357- 1368» دفاع کرده، فارغ التحصیل شده است؛ هم اینک پژوهشگر ارشد پژوهشکده تاریخ معاصر است.
