رساله «کشف الحیره» در نقد تصوف عامیانه و تایید عرفان راستین شیعه است. به عقیده خاتون آبادی، مدعیان دروغین تصوف که خود خالی از معنویت حقیقی اند، با افزودن عناصر انحرافی به عرفان راستین، وادی سلوک الی الله را راهی پر خطر و آفت کرده اند. او منشأ اصلی تشویش و سرگردانی مردم را عالمان بی عمل و مدعیان بی درد و فقیهان ریاکار و درویشان بی فکر دانسته؛ و با طرح راهی میانه، به زدودن کاستی های عرفان و تقویت مبانی نظری و عملی آن بر پایه عقلانیت، کتاب و سنت و مکاشفه صحیح مبادرت ورزید.
علامه میرسید محمد اسماعیل حسینی مدرس خاتون آبادی (1116-1031ق) حکیم، فقیه، متکلم، محدث و ریاضی دان متبحر، از اندیشه مندان برجستۀ امامیه و بزرگان مکتب فلسفی اصفهان به شمار می رود که حدود چهل اثر در دانش های گوناگون عقلی و نقلی از او به جای مانده است.