خشایار بهاری متولد  1340 در تهران است. در سال 1358 در رشته مهندسی برق دانشگاه صنعتی شریف پذیرفته شد اما پس از بازگشایی دانشگاهها در سال 62 و گذراندن سه ترم دیگر، به فیزیک همان دانشگاه تغییر رشته داد و سرانجام در سال 65 و زیر نظر دکتر حسام الدین ارفعی، استاد برجسته فیزیک ذرات بنیادی، فارغ التحصیل شد. در ادامه تا سال 72 در مرکز تحقیقات فیزیک نظری و ریاضیات به کار پژوهشی پرداخت.